Les plantes aquatiques sont fondamentalement liées à la présence d’un plan d’eau, indispensable à leur développement, quelle que soit leur position par rapport à la surface. En fonction de leurs exigences vis-à-vis du facteur eau, on distinguera :

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-les plantes aquatiques ou hydrophytes, dont la vie est impossible en dehors du plan d’eau. L’existence de lacunes aérifères dans leurs tissus (= aérenchyme) les rendent moins denses que le milieu environnant, ce qui leur permet de se maintenir entre deux eaux ou de flotter en surface. En fonction du degré de fixation, on distinguera des hydrophytes nageants (cas des Lentilles d’eau) et des hydrophytes radicants (exemple de la Zannichellie des marais Zanichellia palustris). 

Certains d’entre eux possèdent des feuilles toutes morphologiquement semblables comme chez les Nénuphars ou les Najas ; chez d’autres le dimorphisme foliaire est de mise, avec des feuilles submergées généralement filiformes, et des feuilles flottantes à limbe élargi et vernissé (cas de la Renoncule peltée Ranunculus peltatus).

Les hydrophytes les mieux adaptés à l’environnement aqueux ont une respiration totalement aquatique qui s'effectue directement à travers les parois cellulaires. La présence de feuilles divisées en fines lanières facilite des échanges nutritifs. Ils possèdent des inflorescences elles-mêmes submergées, souvent très discrètes comme chez les Cératophylles, alors que beaucoup d' autres ont besoin de fleurir à la surface de l’eau comme le fait la Morsure de grenouille (Hydrocharis morsus-ranae).

-les plantes semi-aquatiques ou hélophytes forment une vaste catégorie comprenant des végétaux plus indépendants par rapport à l’environnement aqueux que les précédents. L’appareil souterrain reste la plupart du temps submergé, mais la principale différence avec les hydrophytes réside en l’élaboration d’un appareil reproducteur totalement aérien. C’est par exemple le cas de la Sagittaire (Sagittaria sagittifolia), ou de l'Hottonie des marais (Hottonia palustris).

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Il sera parfois difficile, en fonction du comportement subtil et nuancé de certaines espèces, de les classer dans telle ou telle catégorie. C’est le cas des plantes amphibies ou amphiphytes qui peuvent être considérées comme des plantes à forte amplitude vis-à-vis du facteur eau. Certaines poursuivent leur cycle dans n’importe quelles conditions, à l’instar de certaines Renoncules aquatiques ou autres Callitriches, capables de mener une vie aérienne sur la vase, suite à la disparition ou à l’abaissement du plan d’eau. Leurs feuilles se modifient et les entrenœuds se raccourcissent, cependant que l'apparition de stomates engendre une respiration atmosphérique. Certaines sont également capables de se comporter indéfiniment comme des plantes aquatiques -elles restent alors stériles-, mais de poursuivre aussi une vie tout à fait terrestre s’accompagnant de l’élaboration d’organes reproducteurs. C’est ainsi que se comporte la Littorelle à une fleur (Littorella uniflora). Cette particularité nous a conduit à traiter une partie de ces plantes dans le chapitre suivant (Milieux ouverts longuement saturés d’eau).

Les écosystèmes limniques regroupent l’ensemble des étendues d’eau douce libre sous quelque forme que ce soit. Les écologues discernent deux catégories fondamentales parmi les milieux aquatiques, qu’ils regroupent en milieux lentiques et en milieux lotiques.

Les milieux lentiques correspondent aux eaux dormantes (étangs, mares, marais…) où le renouvellement des eaux est très lent. Les conditions écologiques qui y règnent dépendent de la conjonction de divers paramètres du plan d’eau : étendue et profondeur, nature du substrat constituant le fond, variation saisonnière du niveau, caractéristiques physico-chimiques des eaux d’alimentation… Le principal facteur de la zonation reste cependant la profondeur du plan d’eau.