Les cours d’eau présentent une physionomie totalement différente en fonction de leur taille, de leur pente, de leur débit... 

Généralement les écologues s’accordent à distinguer quatre grands types de zone, d’altitude décroissante, et regroupées en deux grandes régions.

Vallée du Narais près de Gardonnière

Domaine des Salmonidés (saumons, truites, ombres), la région salmonicole comprend le crénon et le rhitron. La première correspond aux torrents de montagnes, aux sources et à la partie supérieure des fleuves, où les eaux agitées sont riches en oxygène et où les organismes vivants présentent de nombreuses adaptations (espèces dites rhéophiles) au courant. C’est également la zone à Truite. La seconde correspond à la région où le lit de ce qui n’est encore qu’un ruisseau ou une petite rivière s’élargit. Les eaux courent alors sur un lit de sables et de graviers. C’est la zone à Ombre.

Domaine des Cyprinidés, la région cyprinicole comprend le potamon et les estuaires. Le potamon ou zone à Barbeau correspond à la partie inférieure des fleuves et aux grandes rivières de plaines. L’eutrophisation se fait sentir, le débit du cours d’eau ralentit nettement, le fond s’envase. Une végétation plus abondante peut alors s’installer, notamment au niveau des rives. La quatrième et dernière zone (estuaire ou zone à Brème) est celle où s’effectue le mélange des eaux fluviales et marines. 

Vallée du Loir au Port Denet

Elle possède une forte productivité biologique due à la richesse en nutriments charriés par le cours d’eau durant tout son périple ; la salinité augmente vers l’aval tandis qu’apparaissent les premières espèces marines. De nombreuses espèces de poissons s’y côtoient. 

Si pour se développer certains invertébrés aquatiques exigent une eau propre, d’autres supportent des degrés divers de pollution. La connaissance et l’analyse des biocénoses qui peuplent les cours d’eau, tant sur le plan qualitatif que quantitatif permet donc de calculer un indice biotique, véritable révélateur de la qualité de l’eau et de l’incidence de la pollution sur le milieu.

Ainsi les eaux pures non polluées hébergent volontiers des larves d’Ephémères ou de Plecoptères, à l’inverse des eaux usées ou très dégradées, riches en matières organiques et à faible teneur en oxygène, qui conviendront plutôt au développement de vers comme le Tubifex ou de certaines mouches.

Peu tolérantes à la pollution, certaines libellules inféodées au cours voient leur répartition étroitement liée à la configuration du réseau hydrographique dans le département.

L'Aeschne paisible est une espèce partiellement crépusculaire qui fuit les berges trop ensoleillées, appréciant plutôt l'ombrage de la végétation. Elle peut poursuivre son vol jusqu'à la tombée de la nuit.

Les Caloptéryx ou Agrions éclatants et vierges possèdent des mœurs similaires et sont très colorés (la femelle est verte et le mâle est bleu). Ils cohabitent fréquemment en grosses populations le long d'un même cours d’eau. Le comportement territorial des mâles est alors à l'origine de nombreux conflits.

Les mœurs du Gomphe de Graslin sont très peu connues en raison de sa rareté ; on le rencontre le long des grands cours d'eau à berges boisées, dans les parties les plus calmes. Les mâles s'exposent volontiers au soleil sur des pierres ou des rochers émergés.

La larve du Gomphe à pinces apprécie les cours d'eau à lit sablonneux ou graveleux à la recherche des zones les plus calmes. Elle passera ainsi trois ans avant que n'ait lieu sa métamorphose.

La Cordulie à corps fin est une espèce protégée sur le plan national qui semble inféodée dans notre secteur au lit majeur des trois grands cours d'eau que sont l'Huisne, la Sarthe et le Loir. On peut la rencontrer de fin mai à fin août.

Larves aquatiques, alevins, petits poissons, insectes en tout genre, ruisseaux et rivières proposent un garde-manger fourni et apprécié pour une faune variée. Il n’est pas rare d’observer à la tombée de la nuit un Vespertilion de Daubenton chasser à la surface de l’eau.  

Bien que difficile à observer, le Martin-pêcheur est facilement identifiable par la couleur orange-bleu de son remarquable plumage irisé, aux nuances variant selon l'incidence de la lumière. Pour nicher, il creuse un tunnel à même la rive, un peu à la manière d’un terrier, qui peut atteindre 60cm de profondeur. La majeure partie de son régime alimentaire est constituée de petits poissons et insectes qu'il chasse en effectuant un plongeon d'une grande précision.